O ILR adotou um modelo de estrutura organizacional híbrida, buscando garantir um funcionamento decisório prático e dinâmico. O primeiro nível decisório atua mais no campo estratégico, enquanto a Secretaria Geral operacionaliza as estratégias estabelecidas, com foco na autonomia das Unidades de Negócio na execução de seus programas, sem que isto comprometa o nível de controle adequado ao bom andamento das ações.